城市化导致城乡居民生计差异凸显，区域尺度的居民生计研究需充分考虑该差异。采用DFID可持续生计方法，基于县域尺度建立城乡差异化的居民生计测度体系，引入城乡差异因子测度了横断山区县域的居民生计水平。结果表明：（1）引入城乡差异因子能一定程度消除居民生计水平测度研究中城镇居民生计优势对区域整体生计水平的放大作用；（2）2000—2015年横断山区城乡二元性结构特征显著，期间城乡居民生计关键驱动因子差异明显，乡村居民生计发展逐步由自然资本驱动转变为物质资本驱动，城镇规模超过产业发展状况成为影响城镇居民生计发展的关键影响因子，城乡统筹来看，投资规模和信息获取能力开始愈发的显现其对于居民生计发展的积极作用；（3）横断山区县域居民生计水平总体偏低，发展动能总体不足，两极化发展趋势日益明显；（4）区域居民生计水平总体呈南高北低的空间分布格局，同海拔、坡度呈显著的负相关关系，区域内越是生计脆弱的县域，其居民生计发展越易受到自然环境的制约，同时县域居民生计水平同区域劳动力数量、经济规模显著正相关，劳动力充足、经济发展水平较高的县域其居民生计对自然环境扰动具有更强的韧性。总体来看引入城乡差异因子的可持续生计方法能较好的适用于区域尺度的居民生计水平测度研究，能一定程度消除城乡二元结构差异对居民生计整体水平产生的影响。