沱江和涪江是长江上游的重要支流，且都存在严重的水体污染问题，其中氮(N)和磷(P)为最主要污染物。通过对沱江和涪江干支流进行取样并进行水体N和P空间分布特征的分析，寻找不同空间水质差异的原因，为长江上游及其支流流域地表水污染防控提供科学依据。结果表明，沱江水系和涪江水系均存在严重的总氮（TN）污染，劣Ⅴ类水质断面占比分别高达94%和50%，总磷（TP）污染适中，主要集中在Ⅱ类～Ⅳ类水质，但沱江水系TN和TP浓度整体上要高于涪江水系，污染程度要比涪江水系更严重;对沱江而言，干流硝态氮（NN）浓度从上游到下游呈现先增加后降低的趋势，氨氮（AN）浓度最大值出现在干流上游位点，中下游浓度较低，每流经一座城市后，TP浓度均明显增高，涪江干流的TN和NN浓度呈现上中下游逐渐增加的趋势；沱江和涪江水系均表现出支流TN和TP浓度大于干流的现象，且河流中的的TN、TP和NN还受水体pH和水温（T）影响，可见河流N和P污染控制应重视水环境因素的影响。