马铃薯α-淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析

	马铃薯α-淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析
	王永刚; 马建忠; 马雪青; 周贤婧; 李昆鹏; 赵虎彪
刊名	食品科学
	2010-10-01
期号	2010年19期页码:216-220
关键词	马铃薯 α-淀粉酶基因克隆生物信息学
ISSN号	ISSN：1002-6630
英文摘要	利用RT-PCR方法从马铃薯(Solanum tuberosum)茎段总RNA中扩增、克隆amyA1基因(NCBI登录号GQ406048.1)。采用半定量RT-PCR方法检测amyA1基因在马铃薯茎、叶等不同组织中的表达强度,表明在茎组织中的表达丰度略高。利用生物信息学软件分析amyA1密码子的偏好性;同时对AmyA1氨基酸的理化性质、细胞内定位、保守结构及高级结构进行预测。基于NCBI数据库中有物种代表性的29种α-淀粉酶基因序列构建了基因进化树。amyA1基因全长1224bp,可编码一条理论分子质量为46.40kD、407个氨基酸残基组成的、可能为亲水性的胞外酶。与NCBI已登记的马铃薯α-淀粉酶基因(登录号M79328.1)核苷酸及氨基酸序列同源性达98%。第20～348位点范围内的氨基酸残基含有与淀粉酶13家族及亚家族相似的催化活性域(PF00128、SM00624),第349～407位点范围内的氨基酸残基含有α-淀粉酶C-末端β折叠区域(PF07821)。蛋白质结构预测表明氨基酸残基序列有维持淀粉酶活性的(β/α)8桶状结构以及其他几个功能域结构。所构建的基因进化树表明,两个... 更多
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语种	中文
内容类型	期刊论文
源URL	[http://119.78.100.223/handle/2XXMBERH/14692]
专题	生命科学与工程学院
作者单位	兰州理工大学生命科学与工程学院
推荐引用方式 GB/T 7714	王永刚,马建忠,马雪青,等. 马铃薯α-淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析[J]. 食品科学,2010(2010年19期):216-220.
APA	王永刚,马建忠,马雪青,周贤婧,李昆鹏,&赵虎彪.(2010).马铃薯α-淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析.食品科学(2010年19期),216-220.
MLA	王永刚,et al."马铃薯α-淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析".食品科学 .2010年19期(2010):216-220.