有孔虫古DNA研究是近年来古海洋学新兴的研究领域，传统柱状样中的有孔虫研究是以化石标本为基础，通过利用古DNA对有孔虫群落进行重建可以与以化石标本为基础的传统形态学研究结果进行比较与补充，给海洋全球变化提供新的视角，进而更好地对古海洋进行重建。目前有孔虫古DNA领域的有关工作主要集中在南大西洋、斯瓦尔巴群岛或北冰洋等有利于古DNA保存的深海或极地环境，但国内外有关陆架浅海环境中的有孔虫古DNA的研究尚未开展。

本实验通过采集黄海海域的沉积物柱状样，以探索适合陆架浅海环境沉积物柱状样中的有孔虫古DNA提取和扩增的有效方法。实验过程中使用商用试剂盒DNeasy PowerSoil Kit（Qiagen, 德国）进行环境基因组提取，通过延长提取过程中涡旋振荡的时间以及减少洗脱过程中洗脱液的体积、比较不同PCR扩增参数和有孔虫特异性引物，探索出适合陆架浅海地区沉积物柱状样中有孔虫古DNA提取和PCR扩增的有效方法。实验结果借助ImageJ软件对PCR产物凝胶电泳图像中的目的条带进行了定量分析，为验证实验设计方法的可行性，重新对8个沉积物样品进行DNA提取与PCR扩增，并对得到的有孔虫古DNA数据进行了多样性分析。研究结果显示，增加DNA提取过程中涡旋振荡的时间和减少洗脱液体积可以有效提高古DNA的提取效果，使用引物对s14F0和s15以及调节适合的PCR程序能成功黄海沉积物柱状样中的有孔虫古DNA。对8个沉积物样品的多样性进行分析后发现，有孔虫类群及种类在8个样品中没有太大差异，但其相对丰度随沉积物深度变化而变化，并且在全部样品中软壳类、单房室有孔虫都占较大比例，平均相对丰度为57.4%，结果证明有孔虫古DNA是重建古海洋环境的潜在指标。本文首次给出了一套适用于陆架浅海环境沉积物柱状样的有孔虫古DNA的防污染方法、DNA提取方法和PCR扩增方法，为古海洋和古环境的重建提供了新的研究思路和技术。