本发明公开了一种基于多模态堆叠自动编码机的microRNA‑疾病关联预测方法，该方法包括microRNA序列特征以及疾病语义相似性特征；构建microRNA‑蛋白质‑疾病网络，microRNA‑mRNA‑疾病网络，microRNA‑lncRNA‑疾病网络，利用LINE网络嵌入方法分别获取microRNA，疾病与蛋白质，mRNA，lncRNA之间的网络邻近特征；利用多模态堆叠自动编码机分别对microRNA与疾病的四种特征（本身属性特征，蛋白质网络邻近特征，mRNA网络邻近特征，lncRNA网络邻近特征）挖掘高级抽象特征，降低模型时间复杂度，提高模型预测准确率；对处理后特征分别使用CatBoost分类器进行训练和预测，将四种特征预测得分平均值作为最终预测得分。本发明解决了传统生物实验方法高耗时，高成本问题，实现了更好的分类效果，以更高的准确率预测出潜在的microRNA与疾病关联关系。