胡枝子叶片转录组特征分析及其EST-SSR标记开发

doi:10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.01034

CORC > 成都生物研究所 > 中国科学院成都生物研究所 > 生物多样性与生态系统服务领域 > 中国科学院山地生态恢复与生物资源利用重点实验室

	胡枝子叶片转录组特征分析及其EST-SSR标记开发
	Li Linlin 1; Gao Xinfen 3; Li Shiqi 3; Chen Jinyuan 2; Guo Li'na 4; He Hai 1; Xu Bo 3
刊名	应用与环境生物学报
	2018
卷号	24 期号:6 页码:1338-1349
关键词	胡枝子转录组功能注释 EST-SSR标记
ISSN号	1006-687X
DOI	10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.01034
其他题名	De novo assembly of leaf transcriptome of Lespedeza bicolor (Fabaceae: Papilionoideae) and characterization of EST-SSR markers
产权排序	2
文献子类	Article
英文摘要	胡枝子(Lespedeza bicolor)系豆科胡枝子属植物,性耐旱,是防风固沙及水土保持的优良植物. 报道胡枝子的转录组序列,对其进行注释,并开发一系列EST-SSR标记用于进化研究. 主要研究结果如下:(1)采用二代测序技术对胡枝子叶片进行转录组测序,得到120 913 unigenes,其平均长度为608 bp,N50的长度是978 bp.(2)分别在KEGG和KOG等数据库中对unigenes进行注释,总共注释72 613(60.05%)unigenes的功能.(3)筛选识别13 551个潜在的EST-SSR标记;根据重复单位的核苷酸数目以及重复次数的多少,从中选择173个EST-SSR标记进行引物设计.(4)对胡枝子和其他9种近缘种植物进行PCR扩增实验,最后得到56对引物可全部成功扩增出条带并表现出一定的多态性. 本研究获得了较高质量的胡枝子转录组数据库,可进一步用于比较和功能基因组研究以及胡枝子及其近缘类群的基因表达研究;开发的EST-SSR标记将提供一个强大的工具,可用于研究遗传多样性和种群结构、构建DNA指纹图谱数据库、生成遗传图谱、预测分子标记辅助育种和保存遗传信息.
URL标识	查看原文
WOS研究方向	Plant Sciences (provided by Clarivate Analytics)
语种	英语
CSCD记录号	CSCD:6402880
内容类型	期刊论文
源URL	[http://210.75.237.14/handle/351003/30407]
专题	生物多样性与生态系统服务领域_中国科学院山地生态恢复与生物资源利用重点实验室
作者单位	1.重庆师范大学生命科学学院重庆 401331; 2.兰州大学生命科学学院兰州 730000; 3.中国科学院成都生物研究所, 中国科学院山地生态恢复与生物资源利用重点实验室成都 610041; 4.六盘水师范大学生命科学与技术学院六盘水 553004
推荐引用方式 GB/T 7714	Li Linlin,Gao Xinfen,Li Shiqi,等. 胡枝子叶片转录组特征分析及其EST-SSR标记开发[J]. 应用与环境生物学报,2018,24(6):1338-1349.
APA	Li Linlin.,Gao Xinfen.,Li Shiqi.,Chen Jinyuan.,Guo Li'na.,...&Xu Bo.(2018).胡枝子叶片转录组特征分析及其EST-SSR标记开发.应用与环境生物学报,24(6),1338-1349.
MLA	Li Linlin,et al."胡枝子叶片转录组特征分析及其EST-SSR标记开发".应用与环境生物学报 24.6(2018):1338-1349.