金黄色葡萄球菌ClpP动态调控机制研究

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	金黄色葡萄球菌ClpP动态调控机制研究
	叶飞 ; 张婕 ; 杨财广2 ; 蒋华良1 ; 罗成1
	2014-08-04
关键词	ClpP 分子动力学模拟药物设计
页码	1
英文摘要	ClpP是细菌中关键的水解酶,负责维持细菌体内蛋白质的稳态,对维系细菌的致病力起着关键作用,因而成为一类新型的抗菌靶标。本研究围绕金黄色葡萄球菌ClpP开展分子动力学模拟研究,阐明了ClpP构象变化与水解功能关联的分子机制。在本研究中,基于合作者获得金黄色葡萄球菌ClpP(SaClpP)的两种晶体结构1:Extended伸展构型和Compressed构型,我们采用长时间分子动力学模拟分析了SaClpP的动态行为,阐明了SaClpP构象变化的具体路径和驱动力2。首先,发现SaClpP在这两种构象间的动态变化由R171_D170氢键网络和E137氢键网络所调控,前者可以稳定伸展的构象,后者负责稳定压缩的构象。进而,运用分子动力学模拟捕捉到了SaClpP在两种构象间转化的中间态Compact构型,该构型被合作者后续的晶体结构所证实。进一步,我们通过理论模拟预测了构象变化过程中的数个重要残基(如A140、E137等),并为后期突变实验所证实。本研究阐明了SaClpP的动态调控机制。由于ClpP蛋白在不同细菌中高度保守,本研究的研究结果对ClpP家族其它成员的结构及机制研究具有重要的参考意义。
会议录	中国化学会第29届学术年会摘要集——第19分会：化学信息学与化学计量学
文献子类	Article
语种	中文
内容类型	会议论文
源URL	[http://119.78.100.183/handle/2S10ELR8/267110]
专题	药理学第三研究室药物发现与设计中心天然药物化学研究室
作者单位	1.中国科学院上海药物研究所,药物发现与设计中心,上海 201203, 中国. 2.中国科学院上海药物研究所,药理学第三研究室,上海 201203, 中国.;
推荐引用方式 GB/T 7714	叶飞,张婕,杨财广,等. 金黄色葡萄球菌ClpP动态调控机制研究[C]. 见:.