黄海连续几年暴发大规模绿潮，绿潮中自由漂浮浒苔藻体基本形态与定生浒苔相比已经发生较大变化。为探究两种浒苔表型变异的原因本文对样本的ITS序列、5S rDNA序列及基因组的甲基化水平进行了比较研究。 

  本文分别从烟台、青岛、日照、大丰、射阳、连云港采集黄海漂浮浒苔样本4份与定生浒苔样本4份，经观察发现漂浮浒苔藻体呈管状或肠状，主干弯曲或严重扭曲，体内产生气囊，漂浮浒苔与定生浒苔相比存在明显的表型变异。 

  ITS指18-5.8S核糖体RNA基因之间的ITS1，5.8S以及5.8S与28S核糖体RNA基因之间的ITS2总和，具有高度变异性，常被用于研究属内种间以及不同地理株间的分子系统演化关系及物种鉴定。基于ITS序列对黄海浒苔样本进行了研究，相似度分析显示ITS序列上定生浒苔间、漂浮浒苔间、定生浒苔与漂浮浒苔间相似度均为99%，具有高度一致性。 

  5S rDNA编码细胞质中5SrRNA，是真核生物中一类高度保守的串联重复序列，每个重复序列包括高度保守的编码区5SrRNA和非编码区NTS，后者变异快，各重复单位同步进化，因此5S rDNA是研究物种进化的一个理想的分子标记。本文提取浒苔样本5S rDNA序列对其基因组水平比较研究作以补充，结果表明烟台定生浒苔与日照漂浮浒苔遗传距离为0，青岛、  日照、射阳、连云港、大丰、烟台不同地点的定生和漂浮浒苔有共同的祖先。总体上浒苔样本5S rDNA序列的遗传距离与地理间隔之间没有明显的正相关性，系统进化树中两种浒苔的亲缘关系较近。 

  因此，本文中我们尝试从表观遗传学的角度寻找定生浒苔与漂浮浒苔的差异。将甲基化敏感的限制性指纹技术（methylation-sensitive restriction fingerprinting, MSRF）的方法应用于浒苔。利用分别对DNA甲基化敏感与不敏感的限制性内切酶组合产生基因组的酶切多态性差异图谱来比较漂浮浒苔与定生浒苔基因组甲基化水平的差异。

  以往的研究中常用引物共9条，上下游引物分别两两组合共36对，本文筛选出4对随机引物，条带清晰明显，数量适中，适用于漂浮浒苔与定生浒苔基因组的甲基化水平比较。 

  样本甲基化水平的比较中，相比定生浒苔漂浮浒苔在MseI、BstUI体系中的BstUI位点处出现了高甲基化（500bp、700bp），RsaI、MspI、HpaII酶切体系中HpaII位点处也出现了同样的现象（约700bp）。由于BstUI、HpaII酶切位点在浒苔基因组中分布广泛，由此推断漂浮浒苔在表型变异过程中基因组甲基化水平普遍提高，这为漂浮浒苔表型变异的机理研究提供了表观遗传学证据。