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	基于长程无序蛋白链尺寸关系的粗粒化分子动力学模拟
	李茂东 ; 孙潭霖 ; 刘志荣
	2016
关键词	无序蛋白链 粗粒化模拟 尺寸分析 Gaussian chain Model Sanchez chain Model
英文摘要	单分子FRET实验可以获取蛋白变性过程的尺寸和能量信息,直接得到的是标记端点距离〈R_(ee)~2〉~(1/2)。以往工作中通常使用高分子Gaussian chain Model将其转换成蛋白回转半径〈R_g~2〉~(1/2),再用于后续分析。但是,这种做法的理论基础并不清楚。我们建立了粗粒化分子动力学模拟的方法,分析不同链长的无序蛋白尺寸对应关系,得到了一系列不同于Gaussian链模型的〈R_(ee)~2〉~(1/2)~〈R_g~2〉~(1/2)线性对应关系,并给出了解析方程,很好地预测了未知链的标准直线。我们进一步分析了高分子标度律在无序蛋白体系中的适用程度,绘制出蛋白标度律的原始定义曲线。最后通过对蛋白尺寸分布的拟合,给出了常用的Sanchez chain Model的适用范围:模型能够较好地应用于高变性剂浓度下相对膨胀的无序蛋白链分布分析,并能给出对应明确物理含义的模型参数;对于低变性剂浓度的较坍缩体系,模型仅能够给出较为合理的尺寸平均值。; 中国化学会; 1
语种	英语
出处	中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学
内容类型	其他
源URL	[http://ir.pku.edu.cn/handle/20.500.11897/482896]
专题	生命科学学院
推荐引用方式 GB/T 7714	李茂东,孙潭霖,刘志荣. 基于长程无序蛋白链尺寸关系的粗粒化分子动力学模拟. 2016-01-01.

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