类重金属ATP酶基因序列遗传变异分析

	类重金属ATP酶基因序列遗传变异分析
	李程鹏 1; 孙一丁 2; 马继琼 2; 许明辉[*]2; 刘辉 3; 曾千春 1; 王炎炎 2
刊名	西南农业学报
	2016
卷号	29 期号:9 页码:2009-2015
关键词	亚洲栽培稻野生稻进化 OsHMA2-like基因
其他题名	Genetic Variation Analysis of Heavy Metal ATPase- Like Gene in Ｒice
通讯作者	xuminhui@sohu.com
中文摘要	OsHMA2是水稻根和地上部一个主要的Zn和Cd的转运蛋白,在水稻基因组OsHMA2位点存在OsHMA2类似基因OsHMA2-like,编码蛋白包含水稻P1B型ATP酶重金属转运蛋白的功能域。对来自世界不同稻区的27份亚洲栽培稻和8份野生稻基因OsHMA2-like编码区序列进行了测序分析,以了解水稻OsHMA2-like序列的多样性,为发掘基因资源提供信息。OsHMA2-like核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,在471bp的编码序列内发现了6个变异位点;Tajima’sD检验表明均不显著,说明这些位点属中性进化状态;6个变异位点中,第15、78、132、214、417位点碱基不引起氨基酸的变异,而第457位的变异使得5个供试材料(1个O.nivara,4个ARO品种和1个粳稻品种)由于提前形成终止子在C末端少3个氨基酸,ARO类品种在此位点上与TRJ、IND、TEJ存在显著差异,这暗示ARO类品种可能由O.nivara演化而来。
英文摘要	OsHMA2 was a major zinc and Cd transporter in the root and aboveground of rice，OsHMA2 loci in the rice genome existed a simi- lar gene，OsHMA2- like，containing the functional domain of heavy metal transport protein． The variations of OsHMA2- like in 35 rice acces- sions from different areas of the world including 27 of Oryza sativa and 8 accessions of wild rice relatives were analyzed using resequenced OＲF sequences in order to understand the rice OsHMA2- like sequence diversity and provide information for genetic resources． The nucleotide sequence and amino acid sequence analysis of OsHMA2- like showed that there were six mutation loci in 471 bp coding sequence． The Tajima ＇s D values of the total group and all subgroups suggested that the OsHMA2- like alleles belonged to neutral selection in rice． Interestingly the 15th， 78th， 132th， 214th， 132th mutation didn’ t cause the variation of amino acids，and the 457th mutation led to a elimination of three amino acids in 5 accessions，AＲO existed significant difference on these sites compared to TＲJ，IND and TEJ，which suggested that AＲO was bred by O． nivara．
收录类别	其他
资助信息	国家自然科学基金 “抗稻瘟病基因 Pid2 进化与专化抗性分子机制研究” (31360331);科技部基础性工作专项 “贵州农业生物资源调查” (2012FY110200);云南省自然科学基金 “云南地方稻种 Pi- d2 同源基因序列及专化抗性分子机制研究” (2013FZ146)
语种	中文
内容类型	期刊论文
源URL	[http://159.226.149.26:8080/handle/152453/10690]
专题	昆明动物研究所_基因起源组
作者单位	1.云南农业大学农学与生物技术学院;云南昆明 650205 2.云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所，云南省农业生物技术重点实验室，农业部西南作物基因资源与种质创新重点实验室,云南昆明 650223 3.中国科学院昆明动物研究所,云南昆明650223
推荐引用方式 GB/T 7714	李程鹏,孙一丁,马继琼,等. 类重金属ATP酶基因序列遗传变异分析[J]. 西南农业学报,2016,29(9):2009-2015.
APA	李程鹏.,孙一丁.,马继琼.,许明辉[*].,刘辉.,...&王炎炎.(2016).类重金属ATP酶基因序列遗传变异分析.西南农业学报,29(9),2009-2015.
MLA	李程鹏,et al."类重金属ATP酶基因序列遗传变异分析".西南农业学报 29.9(2016):2009-2015.